井冈山大学生物物理研究所是为充分发挥多学科交叉的综合优势，以江西省高等学校“十二五”重点学科原子与分子物理学为支撑，于2019年12月正式成立。生物物理研究所致力于多学科交叉融合，主要从事光合作用对光响应模型构建、高压静电场对植物的生物学效应以及电磁场对植物光形态建成调控的研究。截至目前，研究所已获得两项在国内外具有较大知名度的代表性科研成果。一是植物光合作用对光响应新模型的构建；二是团队成员提出的关于隧穿的非线性相干破坏理论预言被德国和以色列实验小组完全证实。
生物物理研究所拥有一支结构合力的科研团队，现有教授5人，副教授3人，讲师6人，高级职称占比57.14%，博士占比85.71%，团队成员入选教育部新世纪优秀人才支持计划1人，江西省人民政府“井冈学者”特聘教授1人，江西省中青年学科带头人1人，江西省“井冈之星”2人，江西省百千万人才工程人选3人，江西省高等学校教学名师1人。
研究所拥有科研用房面积近200平方米，光照培养室28平方米，配置了多激发波长调制叶绿素荧光仪、汉莎光合仪、植物效率仪等专业科研仪器设备，总价值达200余万元。研究所成员构建的新光合作用模型为全面了解植物的生理生态特性、生物量的形成和提高作物的光合效率等提供了新的思路和理论依据。该模型已被国内外学者称为“Ye model”、“叶子飘模型”和“叶子飘新模型”，并已作为关键词出现在国内外的学术论文中，被同行直接引用3300多次，单篇中文文章的被引次数为378次，单篇英文文章的被引次数为290次，在国内外的光合作用研究领域中处于领先位置。研究所科研成果获江西省自然科学科技成果二等奖1项，团队已在《New Phytologist》、《Planta》和《Friontier in Plant Science》等国际知名SCI期刊上发表相关论文数十篇，其中有4篇入选中国精品科技期刊顶尖学术论文Top 5000。